法律分析：员工卷款逃跑，如果是侵占的性质，数额达到5000的可以立案，处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金。如果是盗窃的性质，卷款数额达到1000元的，就涉嫌盗窃罪，应予立案，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。
法律依据：《最高人民、最高人民关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》第一条
盗窃公私财物价值一千元至三千元以上、三万元至十万元以上、三十万元至五十万元以上的，应当分别认定为刑法第二百六十四条规定的“数额较大”、“数额巨大”、“数额特别巨大”。
各省、自治区、直辖市高级人民、人民可以根据本地区经济发展状况，并考虑社会治安状况，在前款规定的数额幅度内，确定本地区执行的具体数额标准，报最高人民、最高人民批准。